Tilmeldt:
29. jan 2007 Følger: 73 Følgere: 102 Heste: 2 Emner: 58 Svar: 638
Gelelektroforese og genotype {{forumTopicSubject}}
Hej med jer!
Jeg sætter lidt min lid til, at der er nogle naturvidenskabelige genier herinde 
Jeg skal på søndag trække emne til min biologi B eksamen, og jeg sidder lige nu og "svarer" så vidt muligt på de spørgsmål vi har fået udleveret.
I nogle af spørgsmålene skal vi svare på følgende:
Forklar hvordan man ved elektroforese kan teste en persons genotype
Og i et andet spørgsmål står der:
Hvordan kan man undersøge om en person er bærer af et gen for en arvelig sygdom ved gelelektroforese?
Min egen korte, og måske forsimplede forklaring er følgende:
Efter anvendelsen af PCR (se side 98-99 i biologi i fokus) anvender man gelelektroforesen, hvor DNA stykkerne kan vandre mod den ene ende. Dette sker, fordi DNA er negativt ladet, og vandrer derfor mod den positive ende, ved brug af en elektrisk spænding.
De kortere DNA-stykker vandrer hurtigst igennem gelen og vandrer derfor ”længst”. Hvis alle DNA-stykker er lige lange, er personen homogen i allelerne, hvorimod hvis der er forskellige længder, så er personen heterogen.
Men jeg bliver lidt i tvivl, især om det andet eksamensspørgsmål.
Håber en af jer vil hjælpe
jun 2011
Følger: 17 Følgere: 19 Heste: 3 Emner: 29 Svar: 1.138
Restriktionsenzymer er enzymer der ”skærer” DNA i stykker. DNA er meget lange molekyler, og mindre DNA-stykker er nemmere at håndtere og analyserer. Enzymerne kan også bruges til diagnostik (f.eks. kan de finde en mutation og skærer over der).
De stammer fra bakterier, og de genkender og skærer i specifikke restriktionssites. De skærer lige over (blunt ends) eller i zigzag (sticky ends). Et eksempel kan være EcoR1, der genkender 5’-G|ATTC-3’ (6-base-cutter), eller RSA1 der genkender 5’-GT|AC-3’ (4-base-cutter). Processen i et skære DNA er også tidsafhængig. Langtid: complete digest (Alle restriktionssites skæres). Kort tid: partial digest (nogle restriktionssites skæres).
Gelelektroforese sorterer DNA-fragmenter efter størrelse, og kan skabe en visualisering af DNA’et. Der benyttes at ryggraden i DNA’et er negativt ladet, og ved hjalp af spænding bliver trukket igennem agarose-gelen, mod plus-enden. Jo mindre de er, jo længere vil de bliver trukket. Længere DNA-fragmenter har sværere ved at blive trukket langt. Der er mange fragmenter i et bånd.
Der laves derudover en ”ladder”, med kendte størrelser på fragmenter. Dette bruges både til kontrol om gelen er lavet korrekt osv., men også til at kunne sammenligne størrelsen på bånd fra ens engen undersøgelse.
Som nævnt, kan restriktionsenzymer bruges til genotypning, f.eks. kan der i exon 3 i et gen, findes sekvensen GTAC, der genkender af enzymer Rsa1. I denne sekvensen foregår der en substitution G?A (en mutation) (ATAC), og der dannes en recessiv sygdomsallel, der nu spredes i population. Vi laver en PCR-amplifikation af Exon 3 ? 200 basepar PCR produkt. Derefter laves en overskæring af PCR produktet med Rsa1, og det udføres en gelelektroforese.
Hvis der for en rask (AA), ikke-bærer ses 2 bånd (70 bp + 130 bp), hvordan vil gelen så se ud for hhv. en bærer og en syg?
Syg (aa): der vil være et 200 bp bånd, da sygdommen er recessiv, altså er den homozygot.
Bærer (Aa): der vil være et 200 bp bånd, og så 70 bp + 130 bp. Et sygt – der ikke kan klippes, og et rask – der kan klippes, da den er heterozygot.
jun 2011
Følger: 17 Følgere: 19 Heste: 3 Emner: 29 Svar: 1.138
jan 2007
Følger: 73 Følgere: 102 Heste: 2 Emner: 58 Svar: 638
Dog føler jeg lidt, at noget af det er kinesisk, haha
Først og fremmest: tror du at den forklaring jeg har skrevet, er et svar på spørgsmål 1?
Jeg er med meget hen af vejen, men det sidste afsnit (som jo forklarer spørgsmål 2) virker lidt kringlet.. Kunne du måske have lyst til at uddybe det lidt? Beklager hvis det er for bøvlet
jun 2011
Følger: 17 Følgere: 19 Heste: 3 Emner: 29 Svar: 1.138
Ja selvfølgelig, jeg kan lige prøve at give et eksempel
Man kan undersøge for arvelige sygdomme, som oftest skyldes en mutation et sted i DNA'et, ved at bruge et restriktions enzym der genkender en bestem basesekvens - nemlig mutationen. Restriktions enzymet klipper denne sekvens over, og deler altså DNA'et stykket.
EKSEMPEL
Hvis nu vi antager at to personer har fået to børn, det ene barn har cystisk fibrose og det andet barn er raskt. De vil så gerne undersøge, hvor vidt det raske barn, er bærer af cystisk fibrose.
Vi amplicerer barnets DNA, med raske dna-stykker på 500 basepar. Vores restriktions enzym klipper stykket over ved 150. Når vi så kører en gelelektroforese, vil vi kunne se om barnet er bærer. Er barnet bærer vil vi se et bånd på 500 basepar og to bånd på 150 og 350. Er barnet homozygot rask, vil vi se et tykt bånd på 500 basepar
jan 2007
Følger: 73 Følgere: 102 Heste: 2 Emner: 58 Svar: 638
Jeg synes også det er ret spændende, men der er mange ting at skulle holde styr på indenfor genetik, hold da op!
Lige ved cystisk fibrose giver vores bog et eksempel, hvor cystisk fibrose oftest skyldes deletionen af fenylalanin (F408del-mutationen), og grundet denne deletion vil DNA-stykket være 3 basepar kortere, end en rask persons. Så hvis man er rask vil man vel have ét bånd med 125 basepar (iflg. vores bog), er man syg har man ét bånd med 122 basepar, og en rask bærer vil have to bånd med hhv. 122 og 125 basepar.
Hvis jeg så skal overføre det, til det du skriver; vil det så sige at restriktionsenzymet genkender deletionen og vil derfor klippe ved 150 hvis man er syg eller rask bærer?
jun 2011
Følger: 17 Følgere: 19 Heste: 3 Emner: 29 Svar: 1.138
Men ja, i teorien vil man gøre det sådan
jan 2007
Følger: 73 Følgere: 102 Heste: 2 Emner: 58 Svar: 638
Tusind tak for hjælpen!
jun 2011
Følger: 17 Følgere: 19 Heste: 3 Emner: 29 Svar: 1.138
okt 2004
Følger: 98 Følgere: 160 Heste: 5 Emner: 156 Svar: 9.684
jan 2007
Følger: 73 Følgere: 102 Heste: 2 Emner: 58 Svar: 638
jun 2011
Følger: 17 Følgere: 19 Heste: 3 Emner: 29 Svar: 1.138
Gelelektroforese og genotype